1. Korupcijos prevencijos darbo grupė, sudaryta direktoriaus 2012 m. sausio 13 d. įsakymu Nr. V-12.
2. Darbo grupė, sudaryta siekiant įvykdyti pavedimą Lietuvos saugios laivybos administracijai prisijungti prie Saugaus tradicinių laivų naudojimo Europos vandenyse pažymėjimų ir tradicinių laivų įgulų kompetencijos pažymėjimų abipusio pripažinimo susitarimo memorandumo bei tinkamai įgyvendinti memorandumo reikalavimus, sudaryta 2012 m. sausio 24 d. įsakymu Nr. V-20.
3. Darbo grupė, sudaryta Lietuvos saugios laivybos administracijos pasiruošimui Administracijos dešimtmečio minėjimui, konferencijai dėl navigacinių pranešimų jūrininkams (NAVTEX), Baltijos šalių jūrinių administracijų atstovų susitikimui, kartu su Tarptautine jūrų organizacija Lietuvoje organizuojamam aukšto lygio jūrinių administracijų vadovų susitikimui organizuoti, sudaryta 2012 m. sausio 27 d. potvarkiu Nr. VP-2.
4. Projekto "Nacionalinės laivų eismo stebėsenos informacinės sistemos" sukūrimo ir įdiegimo įgyvendinimo darbo grupė, sudaryta 2012 m. balandžio 27 d. įsakymu Nr. V-90.