1. Laivo įgulos vadovaujančios sudėties jūrininkų kompetencijos įvertinimo komisija, Eilinių jūrininkų kompetencijos įvertinimo komisija bei Radijo operatorių ir GMDSS radijo ryšio operatorių kompetencijos įvertinimo komisija, patvirtinta direktoriaus 2005 m. rugpjūčio 29 d. įsakymu Nr. V-147 (2012 m. sausio 4 d. įsakymo Nr. V-2 redakcija).
2. Locmanų egzaminavimo komisija, patvirtinta direktoriaus 2005 m. gruodžio 29 d. įsakymu Nr. V-197 (2010 m. rugpjūčio 19 d. įsakymo Nr. V-135 redakcija).
3. Lietuvos saugios laivybos administracijos valstybės tarnautojų prašymų leisti dirbti kitą darbą ir informacijos nagrinėjimo komisija, sudaryta direktoriaus 2008 m. sausio 9 d. įsakymu Nr. V-8 (2009 m. kovo 6 d. įsakymo Nr. V-38 redakcija).
4. Lietuvos saugios laivybos administracijos dokumentų ekspertų komisija, sudaryta 2008 m. vasario 26 d. įsakymu Nr. V-67 (2011 m. spalio 28 d. įsakymo Nr. V-192 redakcija).
5. Darbuotojų, dirbančių su veikiančiais elektros ir šilumos įrenginiais, atestavimo komisija, sudaryta direktoriaus 2008 m. gegužės 13 d. įsakymu Nr. V-111.
6. Komisija nepanaudotų numeruotų jūrinių dokumentų blankų, kurie nepriskirti saugiųjų dokumentų blankų kategorijai, ir nepanaudotų saugiųjų jūrinių dokumentų blankų inventorizacijai atlikti, sudaryta direktoriaus 2009 m. liepos 2 d. įsakymu Nr. V-85 (2009 m. spalio 8 d. įsakymo Nr. V-164 redakcija).
7. Viešųjų prekių aukcionų ir Viešuosiuose prekių aukcionuose parduodamo turto pradinės pardavimo kainos nustatymo komisijos, patvirtintos direktoriaus 2009 m. rugpjūčio 13 d. įsakymu Nr. V-132 (2011 m. spalio 11 d. įsakymo Nr. V-181 redakcija).
8. Darbo ginčų komisija, patvirtinta direktoriaus 2010 m. kovo 5 d. įsakymu Nr. V-32 (2010 m. rugpjūčio 11 d. įsakymo Nr. V-129 redakcija) (dvejų metų laikotarpiui).
9. Motorinių pramoginių laivų laivavedžių kvalifikacijos suteikimo komisija, patvirtinta direktoriaus 2010 m. rugpjūčio 5 d. įsakymu Nr. V-124.
10. Pripažinto nereikalingu arba netinkamu (negalimu) naudoti ilgalaikio ir trumpalaikio materialiojo turto nurašymo ir likvidavimo bei atsargų nurašymo komisija, sudaryta direktoriaus 2010 m. rugpjūčio 18 d. įsakymu Nr. V-133 (2010 m. spalio 19 d. įsakymo Nr. V-169 redakcija).
11. Numeruotų dokumentų blankų nurašymo ir likvidavimo komisija, sudaryta direktoriaus 2010 m. rugsėjo 6 d. įsakymu Nr. V-147.
12. Valstybės tarnautojų vertinimo komisija, sudaryta direktoriaus 2010 m. gruodžio 8 d. įsakymu Nr. V-191 (dvejų metų laikotarpiui).
13. Inspektorių, atliekančių Lietuvos Respublikos jūrų laivų registre įregistruotų laivų vėliavos valstybinę kontrolę arba užsienyje įregistruotų laivų valstybinę kontrolę Lietuvos Respublikos jūrų uostuose, atestavimo komisija, patvirtinta direktoriaus 2011 m. sausio 31 d. įsakymu V-25.
14. Auditorių, atliekančių Lietuvos Respublikoje įregistruotų laivybos kompanijų ir jūrų laivų saugios laivybos valdymo sistemų vertinimą, atestavimo komisija, sudaryta direktoriaus 2011 m. vasario 7 d. įsakymu Nr. V-28.
15. Komisija ilgalaikio ir trumpalaikio materialiojo turto būklei įvertinti, pasiūlymui pripažinti turtą nereikalingu arba netinkamu (negalimu) naudoti ir jį nurašyti, sudaryta 2011 m. gegužės 19 d. įsakymu Nr. V-91.
16. Įmonių, teikiančių su saugia laivyba susijusias paslaugas, atestavimo komisija, patvirtinta direktoriaus 2011 m. birželio 3 d. įsakymu Nr. V-110.
17. Viešojo pirkimo komisija (nuolatinė), patvirtinta direktoriaus 2011 m. spalio 24 d. įsakymu Nr. V-188.
18. Lietuvos saugios laivybos administracijos terminijos pakomisė, sudaryta direktoriaus 2011 m. gruodžio 12 d. įsakymu Nr. V-212.